Trwały walki między powstańcami a armią francuską.
W 1936 roku zawarty został francusko-syryjski traktat, w którym Francja uznawała niepodległość Syrii i zgadzała się na przyłączenie do niej okręgów Latakii, Aleksandretty i Dżabal ad-Duruz. Nie został on jednak ratyfikowany przez francuski parlament. Mimo to Syryjczycy uznawali jego postanowienia za ważne i wszystkie utworzone przez Francuzów okręgi (z wyjątkiem Wielkiego Libanu) przyłączyły się do Republiki Syryjskiej. Haszim al-Atasi został wybrany pierwszym prezydentem.
We wrześniu 1938 Francja oddzieliła od Syrii niedawno z nią zjednoczony Sandżak Aleksandretty. W jego miejsce sformowano Republikę Hatay, która rok później, w wyniku referendum, została przyłączona do Turcji. Syria do dziś nie uznała inkorporacji części swego terytorium.
Po klęsce Francji w II wojnie światowej w 1940 roku Syria znalazła się pod kontrolą kolaborującego z Niemcami rządu Vichy. Szybko jednak została zajęta przez siły Komitetu Wolnej Francji i wojska brytyjskie. Syryjczycy po raz kolejny proklamowali niepodległość w 1941 roku, ale pozostawała ona powszechnie nieuznawana do 1 stycznia 1944 roku. Działania nacjonalistów oraz naciski ze strony Wielkiej Brytanii zmusiły francuskie garnizony do opuszczenia Syrii. Ostatni żołnierze francuscy wyjechali 17 kwietnia 1946 roku.