Niektórzy katolicy kwestionują słuszność beatyfikacji. Podważana jest zarówno prawdziwość cudu, jak i to czy powinien on być przypisywany Janowi Pawłowi II, czy raczej modlitwom Marie Simon-Pierre Normand do innych świętych. Również krytycznie oceniano pośpiech beatyfikacji w świetle skandalu nadużyć seksualnych w Kościele katolickim. Jan Paweł II był oskarżany o nierozpoznanie znaczenia nadużyć seksualnych w Kościele katolickim, dopóki nie wybuchły skandale w Ameryce w 2002. Był również krytykowany za nierozpoznanie podwójnego życia Marciala Maciela Degollado i za przyzwolenie biskupom diecezjalnym na przenoszenie księży pedofilów pomiędzy parafiami zamiast zgłaszania ich przestępstw odpowiednim władzom.
Kanonizacja
5 lipca 2013 papież Franciszek wydał dekret w sprawie cudu za wstawiennictwem bł. Jana Pawła II. Cudem tym, jak poinformował ks. Federico Lombardi, jest zatwierdzone przez lekarzy i teologów z Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych i niewytłumaczalne z punktu widzenia medycznego, uzdrowienie kobiety z Kostaryki, Floribeth Mora Diaz cierpiącej na nieoperacyjnego tętniaka mózgu. Kobieta, oglądając beatyfikację Jana Pawła II, zaczęła do niego się modlić, po czym doznała nagłego uzdrowienia. Papież Franciszek poinformował, że razem z Janem Pawłem II, kanonizowany zostanie również bł. Jan XXIII.