Po wojnie EKD znalazła się pod Tymczasowym Zarządem Państwowym Ministerstwa Komunikacji, a w 1947 roku kolej została upaństwowionaOrzeczenie nr 6 Ministra Komunikacji z dnia 29 maja 1947 r. o przejęciu na własność Państwa przedsiębiorstw komunikacyjnych ().Dz.Urz. m.st. Warszawy z 1947 r. nr 23, s. 26. i przekazana pod zarząd PKP. Organizacyjnie EKD podporządkowano Zarządowi Warszawskich Kolei Dojazdowych (późniejszej Dyrekcji Kolei Dojazdowych). W 1951 roku zrezygnowano ze stosowania dotychczasowej nazwy, zmieniając ją na Warszawska Kolej Dojazdowa.
W pierwszych latach po zakończeniu II wojny światowej przewozy pasażerskie na EKD szybko wzrosły: w 1945 roku przewieziono 4,5 mln pasażerów, a w 1946 roku – 8,9 mln, w 1947 roku – 12 mln i w 1948 roku – 13 mln pasażerów (łącznie z przewozem pasażerów autobusami EKD)Od ponad 90 lat, Kurier Warszawski..
Dyrektorem naczelnym spółki był Tadeusz Baniewicz, który kierował przedsiębiorstwem od okresu budowy do przejęcia linii EKD przez PKPTadeusz Baniewicz..