Obok Selbstschutzmanów z Wąbrzeźna (z komendantem Müllerem na czele) znaczącą rolę w egzekucjach dokonywanych w Łopatkach odegrali bojówkarze z placówki Selbstschutzu w Kowalewie Pomorskim – w szczególności jej komendant Wilhelm Heinz Bormann oraz jego bliski współpracownik, Gwido von Kriess (właściciel majątku ziemskiego Chełmonie).
Pod koniec 1944 r., w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej, Niemcy przystąpili do zacierania śladów zbrodni. Zwłoki pomordowanych zostały wykopane i spalone. Z tego powodu trudno dziś określić dokładną liczbę ofiar zbrodni w Łopatkach. Materiały Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa podają liczbę około 2400 ofiar, w tym 25 kobiet i kilku księży. Inne źródła podają nieco mniejszą liczbę ofiar (od 1000 do 2000). Udało się ustalić zaledwie kilkadziesiąt nazwisk zabitych osób, m.in. Władysława Klimka – posła na Sejm RP oraz ks. Alojzego Puppela – proboszcza w Kowalewie Pomorskim i dziekana Dekanatu Golubskiego. W Łopatkach zamordowano też wielu Żydów, w tym kobiety, dzieci.
Po wojnie Po zakończeniu działań wojennych, dla uczczenia pamięci ofiar, na miejscu straceń usypano symboliczną mogiłę, a na sąsiednim wzgórzu postawiono pomnik z tablicą pamiątkową, na której widnieje napis: „Ku czci 2500 Polaków zamordowanych tu w 1939 r.