Architektura kościoła Kościół Świętego Józefa we Włocławku zbudowany został na rzucie prostokątnym. Do wzniesienia konstrukcji użyto cegieł ceramicznych, żelbetu, betonu, pustaków ceramicznych i materiałów uzupełniających. Kościół posiada dwie nawy, których granice stanowią słupy żelbetowe, które wpierają strop świątyni. Wzdłuż nawy bocznej znajdują się pomieszczenia użytkowe, między innymi zakrystia, kancelaria parafialna, kaplica całodziennej adoracji Najświętszego Sakramentu i składzik. Pod nawą boczną ulokowana jest dolna kaplica, sale katechetyczne oraz kaplica przedpogrzebowa. Okna świątyni były prefabrykowane cementowe. Po termomodernizacji kościoła okna są szklane z naklejkami przypominającymi poprzedni kształt szkiełek.
Wnętrze kościoła mały|242x242px|Prezbiterium kościoła św. Józefa we Włocławku W głównej nawie znajduje się prezbiterium, na którym wzniesiony jest marmurowy ołtarz, ambona, mosiężne tabernakulum, chrzcielnica oraz miejsca siedzące dla wiernych. Na ścianie nawy wisi wielki krucyfiks otrzymany od parafii św. Katarzyny w Iwanowicach (diec. kaliska) pochodzący z I poł. XV wieku, który wymagał gruntownej rekonstrukcji. Prace mające na celu odnowienie krzyża z wizerunkiem Chrystusa Ukrzyżowanego miały miejsce w pracowni Anny Marię Torwirt w Toruniu.