W II połowie V wieku wśród chrześcijan na wschodzie coraz większe wpływy zyskiwał nestorianizm. Jego rozwój popierali perscy szachowie, upatrując w nim szansę na podporządkowanie sobie chrześcijaństwa w ich kraju i oddzielenie go od wpływów kościołów rzymskich. Przyjęli pod swoją opiekę nestorian uciekających z Bizancjum w 462 roku. W 484 uczynili nestoriańskiego biskupa Nisibis, Bar Saumę, patriarchą. W 489 roku zgodzili się na przeniesienie na teren Persji zlikwidowanej przez cesarza Zenona nestoriańskiej szkoły teologicznej z Edessy. Tymczasem, na synodach w 484 i 486 roku, kościół perski przyjął chrystologię Teodora z Mopsuestii oraz nauki Nestoriusza. Nauki te zostały potwierdzone przez patriarchę Babaja w 497. Od tamtej pory kościół perski oficjalnie uważa się za nestoriański. Do dziś jego doktorami i świętymi pozostają Teodor z Mopsuestii wraz z Nestoriuszem i Diodorem z Tarsu. Kościół nestoriański miał wówczas duże grono wyznawców i był oficjalnie uznawany przez szachów.