Od 1501 roku, Iran przeszedł transformację z państwa większościowo sunnickiego na szyickie. Podczas wojny persko-tureckiej, ormiańskie duchowieństwo wystąpiło do szyickiej Persji o ochronę przed sunnickim imperium osmańskim, szach Abbas I Wielki przesiedlił 300 tys. chrześcijańskich Ormian i Gruzinów w głąb kraju, głównie do stolicy safawidzkiej Persji, IsfahanuHistory of Christians and Christianity in Iran (ang.)..
W XVIII i XIX wieku na terenie Persji rozpoczęły swą działalność misje protestanckie. Zakładały one nie tylko nawracanie na chrześcijaństwo, ale także edukację, opiekę zdrowotną i wspomaganie innych chrześcijańskich wyznań. W przeciwieństwie do tradycyjnych, etnicznych kościołów, protestanckie kościoły składają się z członków różnych grup etnicznych, także Persów.
Obecna sytuacja mały|Park św. Marii w Teheranie Iran jest obecnie państwem wyznaniowym, w którym uprzywilejowaną pozycję ma islam szyicki. Z powodu problemów ekonomicznych, społecznych i dyskryminacji wielu chrześcijan decyduje się na emigrację, głównie do Stanów Zjednoczonych, Kanady i Europy Zachodniej. W 1975 chrześcijanie stanowili 1,5% społeczeństwa, w 2000 roku już tylko 0,4%.