Trudny moment dla pagody i chińskich chrześcijan nadszedł w okresie po rządach cesarzowej Wu Zetian, która próbowała podważyć rolę taoizmu i wynieść buddyzm. Spowodowało to ostrą reakcję wpływowego taoistycznego kleru, której ofiarą padł buddyzm, a także inne obce wyznania. Prześladowania chrześcijan, jakie miały miejsce w Chinach około 845 roku, sprawiły, iż świątynia została opuszczona. Znacznie później, bo w XIV wieku stała się świątynią buddyjską. Trzęsienie ziemi w 1556 roku doprowadziło do częściowego uszkodzenia pagody, między innymi zasypania jej podziemnej części i zniszczenia schodów prowadzących na wyższe poziomy. Świątynia została opuszczona przez buddystów. W 1999 roku brytyjski uczony Martin Palmer zbadał pagodę, której pilnowała sędziwa mniszka buddyjska. Na górnej kondygnacji odkrył rzeźbę przedstawiającą narodziny Chrystusa, dowód na ponad 1300-letnią historię chrześcijaństwa w Chinach.