Do bombardowań wsi i linii komunikacyjnych, opanowanych lub użytkowanych przez partyzantów, używano najczęściej cięższych bombowców Fokker F.IX (w wersji F.39) i Savoia-Marchetti SM.79. Prowadzono też loty rozpoznawcze, podczas których starano się wykryć w lasach lub górach zgrupowania partyzanckie. Lekkie samoloty służyły do lotów kurierskich pomiędzy wojskami w terenie i ich dowództwami. Było to bardzo ważne z powodu małej liczby radiostacji w oddziałach chorwackich. Działania antypartyzanckie kontynuowano do końca 1941 r. Najczęściej wspierano własne oddziały we wschodniej i zachodniej Bośni. Słabo wyposażone okazały się początkowo siły myśliwskie Lotnictwa NDH (4 ex-jugosłowiańskie Ikarus IK-2, 7 dwupłatowych Avia BH-33 i 1 Hawker Fury), ale nie były one zmuszone do intensywnych działań lotniczych. Zimą 1941 r. samoloty NDH zasłużyły się w zaopatrywaniu oblężonego przez partyzantów garnizonu Visegrada. thumb| Włoski samolot myśliwski Fiat G.50 był pierwszym w miarę nowoczesnym typem myśliwca Lotnictwa NDH. Samolot na zdjęciu z oznaczeniami Fińskich Sił Lotniczych thumb| Fokker F.VII był 3-silnikowym samolotem transportowym produkcji holenderskiej. Od 1942 r. 9 takich maszyn, wybudowanych w zakładach Avii w Pradze służyło w Lotnictwie NDH