Po ogłoszeniu przez Włochy rozejmu na pocz. września 1943 r., Chorwaci przejęli na lotniskach w Mostarze i Zadarze ok. 60 samolotów (myśliwce Fiat G.50 i Fiat CR.42, bombowce CANT Z.1007 i Fiat BR.20), a także 33 silniki.
Wyjście Włochów z wojny wiązało się też z zagrożeniem inwazji alianckiej na wybrzeżach Dalmacji. Stąd 1./(Kroat.)KG rozpoczął loty patrolowe 2 x dziennie nad centralnym i południowym Adriatykiem. 10 października doszło do pierwszego starcia z samolotem alianckim. Chorwacki Dornier Do 17 u wybrzeży południowych Włoch został przechwycony przez 8 brytyjskich myśliwców Supermarine Spitfire Mk.VIII, po czym zestrzelony. Jeden samolot RAF został trafiony i rozbił się na morzu. Po tym wydarzeniu loty patrolowe ograniczono do wybrzeży.
Pod koniec 1943 r. stan liczebny Lotnictwa NDH wynosił ogółem 295 samolotów. 61 zostało zniszczonych lub miało wypadki, zaś 5 zdezerterowało.
Na pocz. 1944 r. dowództwo Lotnictwa NDH utworzyło 11 Grupę Lotniczą (21, 22 i 23 Eskadry Lotnicze) w celu obrony przed rajdami bombowymi samolotów alianckich. Była ona wyposażona w najnowocześniejsze u Chorwatów myśliwce Morane-Saulnier M.S.406 i Fiat G.50.