W listopadzie 1993 roku zaczęto odprawiać msze św. w nowo oddanej kaplicy św. s. Faustyny. W latach 1994 – 1995 kontynuowano prace budowlane (wylano boczne nawy, przygotowano szalunki pod strop w nawie głównej). I-szą mszę św., w kościele jeszcze bez dachu, odprawiono w maju 1994 roku. Była to uroczystość I komunii św. W 1995 roku Wielkanoc świętowano już w zadaszonej świątyni, choć bez okien, a w listopadzie tego roku została ona poświęcona. Rok później wzbogaciła dzwonnicę o trzy dzwony: św. Jana – 500 kg, św. Kazimierza – 350 kg i św. s. Faustyny – 250 kg. Wśród fundatorów dzwonów kronika parafialna wymienia 218 nazwisk. Dnia 6 września 1997 roku dotychczasowy proboszcz i pierwszy budowniczy kościoła, ks. Jan Andrzejewski zostaje proboszczem parafii św. Trójcy w Kobyłce. Obowiązki po nim przejmuje ks. Wojciech Lemański, który w latach 1997 – 2006 kontynuuje prace wykończeniowe przy kościele i domu parafialnym. W tym czasie wykonano prezbiterium z marmurowym ołtarzem i chrzcielnicą, dwa boczne ołtarze z mozaikami: Najśw. Sakramentu i Matki Bożej oraz witraże. Konsekracja kościoła odbyła się w roku Wielkiego Jubileuszu chrześcijaństwa – 15 października 2000 roku. Uroczystości tej przewodniczył ks. bp. ordynariusz Kazimierz Romaniuk.