Józef II chciał pokryć kraj możliwie jak najgęstszą siecią parafialną tak, aby z każdej miejscowości można było w ciągu godziny dojść do świątyni. W latach 1782–1783 utworzono 800 nowych parafii. Towarzyszyło temu burzenie tych kościołów, które nie pasowały do cesarskiego schematu. Proboszczowie mieli być w zamysłach Józefa urzędnikami państwowymi. Z ambon mieli odczytywać i objaśniać rozporządzenia cesarskie, szerzyć wiedzę rolniczą i medyczną, zwalczać przesądy, nawoływać do pracowitości i moralności oraz uczyć młodzież. Cesarz drobiazgowo uregulował organizację parafii i diecezji, ingerując nawet w porządek nabożeństw. Rozwiązywał bractwa religijne, zakazywał procesji i pielgrzymek. Ze względów oszczędnościowych określał nawet, ile świec może palić się na ołtarzu.
Działania Józefa spotykały się ze sprzeciwem kleru. Józef natomiast miał ambicję wykształcenia duchownych w duchu nowej dyscypliny państwowo-kościelnej. Nie mając zaufania do seminariów diecezjalnych, powołał w 1783 seminaria generalne we wszystkich prowincjach. W 1786 uzyskały one monopol na kształcenie duchownych. Program nauczania opracował Franz Rautenstrauch.