Podczas wyborów wiceprezydenckich doszło do zamachu stanu, Francisco Ruiz-Tagle który zdobył 98 głosów elektorskich i (24,13%), i drugi w kolejności, Generał José Joaquín Prieto, który otrzymał 61 głosów i (15,02%). Kongres kontrolowany przez liberałów któremu przewodniczył Francisco Ramón Vicuña. Twierdząc, że kandydat na wiceprezydenta nie miał większości, dokonano wyboru Joaquína Wikunii, mimo że dostał tylko 48 głosów elektorskich (11,82%). Wybory stały się pretekstem potrzebnym konserwatystom do buntu.
Pinto zrezygnował z prezydentury 2 listopada (mniej niż 2 tygodnie od jego ogłoszenia), po odejściu z urzędu wycofał się z życia publicznego. Wszystkie jego kompetencje zostały przejęte przez Prezesa Kongresu, Francisco Ramóna Vicuñę.
Gabinet Pinto wrócił do życia publicznego w 1841 roku, jako kongresmen. Partia Liberalna ogłosiła go jako kandydata na prezydenta Chile w wyborach prezydenckich w 1841, W opozycji do generała Manuel Bulnes, którego ostatecznie wybrano. Nie brał udziału w kampanii w dowolnej postaci aktywnej. Mimo to został wybrany na zastępcę do La Serena i prezesa izby, na 30 maja 1843. W 1846 roku został wybrany senatorem i stał się członkiem komisji stałych wojny i marynarki.