W 1772, w momencie zajęcia Lwowa przez Austriaków w wyniku pierwszego rozbioru Polski w konwencie żyło 18 braci zakonnych. W 1785, w wyniku reform józefińskich przeprowadzonych przez cesarza Józefa II zakon kapucynów uległ kasacie. Ich klasztor przejęli franciszkanie konwentualni, którym w tym samym czasie odebrano dwa zespoły klasztorne: św. Krzyża i św. Antoniego.
W 1830 kościół strawił pożar. Odbudowa i przebudowa trwała do 1838. Dokonano wówczas powtórnej konsekracji świątyni. W 1902 dokonano restauracji świątyni uzupełniając jej fasadę ozdobnymi wolutami. W 1907 rozpoczął naukę w miejscowym, niższym seminarium duchownym Maksymilian Maria Kolbe, późniejszy święty Kościoła katolickiego.
Po 1945 kościół zamknięto a w klasztorze umieszczono szpital zakaźny. Po 1990 budynek kościoła i klasztoru przekazano Kościołowi Adwentystów Dnia Siódmego.
Architektura Kościół adwentystyczny we Lwowie-Łyczakowie jest budowlą bazylikową, trzynawową, z barokowym wyposażeniem wnętrza. Prostą fasadę świątyni zdobią pilastry oddzielające nawy i wysunięty portal, nad którym pomiędzy dwoma oknami umieszczono relief przyobleczonej w słońce niewiasty z 12. rozdziału Objawienia św.