Wody Bahrajn jest prawie całkowicie pozbawiony jakichkolwiek wód powierzchniowych, jedynie na południowym zachodzie występują słone bagna. Ten nizinny obszar nie posiada także charakterystycznych dla pustynnych obszarów suchych dolin – wadi. Jedynymi zasobami wód w kraju są wody artezyjskie. Do głównych źródeł pozyskiwania wody zaliczane są wody Zatoki Perskiej. Kraj posiada stacje uzdatniania wody morskiej, zasilane ropą naftową.
thumb|left|300px|Palma daktylowa
Flora Pomimo chronicznego braku opadów, szata roślinna jest dość bogata. Na pustyni występuje ponad 200 gatunków roślin. Cały obszar Bahrajnu to tereny pustynne, gdzie występuje roślinność kserofityczna i efemeryczna. Spośród drzew powszechnym gatunkiem jest palma daktylowa. W miastach występuje zieleń miejska.
Fauna Fauna typowa dla arabskich krańców Krainy Etiopskiej. Świat zwierząt jest bardzo ubogi i składa się z gatunków pustynnych. Do ssaków zaliczyć należy ariela i tara, a z mniejszych przedstawicieli na Bahrajnie żyją karakale i mangusty.