W połowie lat 90. XX w. OPM ponownie wzmogła swoją działalność i uzyskała szerokie poparcie ludności. Miało to związek m.in. z nienawiścią Papuasów do korporacji górniczej Freeport-McMoRan, która wydobywa na wyspie miedź i złoto. Papuasi zaś oskarżają korporację o degradację środowiska i wspierania indonezyjskiego wojska w łamaniu praw człowieka. Dzięki poparciu społecznemu w 1996 OPM zdecydował się na radykalniejsze działanie i w styczniu, a później w sierpniu, dokonał uprowadzenia kilku Europejczyków jako zakładników. Dwóch z nich zostało zabitych, a resztę wypuszczono.
W 1998 grupa zbrojnych działaczy Ruchu opanowała wieżę ciśnień na wyspie Biak i wywiesiła flagę narodową. Po kilku dniach wieża została jednak siłą odbita przez wojsko. Nie wiadomo, ile osób zginęło, ponieważ rząd zataił tę informację.
Struktura wewnętrzna Struktura Ruchu jest trudna do określenia i jej pełne przedstawienie nie jest możliwe. W 1996 naczelnym dowódcą w organizacji był Mathias Wenda. Rzecznik OPM rezydujący w Sydney – John Otto Ondawame – stwierdził, że istnieje 9 mniej lub bardziej niezależnych od siebie komend. Armia indonezyjska utrzymuje z kolei, że do 1991 istniały dwa skrzydła w Ruchu Wolnej Papui: Komenda Victoria dowodzona przez M.L.