W latach 1991–1995 sprawował mandat posła na Sejm I i II kadencji, wybieranego w okręgach z okręgów warszawskich: nr 1 (1991–1993) i nr 1 (1993–2001) z listy SLD (w 1993 uzyskał największą liczbę głosów w kraju, tj. 148 553 głosy). W obu tych kadencjach pełnił funkcję przewodniczącego klubu parlamentarnego SLD.
W I kadencji Sejmu zasiadał w Komisji Spraw Zagranicznych, Komisji Sprawiedliwości, trzech komisjach nadzwyczajnych. W II natomiast uczestniczył w posiedzeniach Komisji Polityki Gospodarczej, Budżetu i Finansów, Komisji Spraw Zagranicznych i dwóch komisjach nadzwyczajnych. Od listopada 1993 do listopada 1995 przewodniczył Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego.
Kampanie wyborcze w 1995 i 2000 Wybory prezydenckie w 1995
thumb|Aleksander Kwaśniewski (po prawej) odbiera gratulacje po wyborach prezydenckich, 1995 W 1995 wystartował w wyborach prezydenckich jako kandydat SLD z hasłami „Wybierzmy przyszłość” i „Wspólna Polska”. Podczas kampanii wyborczej kontrowersje wzbudziła kwestia wykształcenia Aleksandra Kwaśniewskiego, który w ankietach sejmowych podawał, że legitymuje się wykształceniem wyższym. Taka sama informacja została zamieszczona w oficjalnym obwieszczeniu Państwowej Komisji Wyborczej. Potwierdzał to także sam Aleksander Kwaśniewski w kolejnych wywiadach.