W trakcie kampanii wyborczej jako kandydat na prezydenta RP złożył w trybie wyborczym oświadczenie lustracyjne, w którym oświadczał, że nie był świadomym lub tajnym współpracownikiem organów bezpieczeństwa PRL. Wyrokiem z 12 lipca 2000 Sąd Apelacyjny w Warszawie uznał, że złożone oświadczenie jest zgodne z prawdą, o co wnosił także rzecznik interesu publicznego Bogusław Nizieński. Od 2000 pojawiały się także informacje (wygłaszane m.in. w Sejmie przez ministra Janusza Pałubickiego), iż z materiałów posiadanych przez Instytut Pamięci Narodowej wynika, że Aleksander Kwaśniewski w latach 1983–1989 był zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie „Alek”. Niemal cała dokumentacja wytworzona przez funkcjonariuszy SB dotycząca Aleksandra Kwaśniewskiego została zniszczona.