W 1993 otrzymał ofertę wyjazdu do Gençlerbirliği SK. Rok później zajął na koniec sezonu 7. miejsce w lidze tureckiej i powrócił do Kazachstanu. Tym razem związał się z Kajratem Ałma-Ata. Następnym klubem w jego karierze FK Aktau, z którym osiągnął półfinał pucharu kraju oraz 4. miejsce na finiszu rozgrywek w 1996.
W latach 1997–1999 Berdyjew pracował w ojczyźnie, w klubie Nisa Aszchabad, a w 1999 z narodową reprezentacją. Jego największymi sukcesami w Turkmenistanie było zdobycie pucharu w 1998 roku oraz tytułu mistrzowskiego rok później. W 2000 został trenerem Kristałłu Smoleńsk, grającego wówczas na zapleczu rosyjskiej ekstraklasy.
W 2001 przejął Rubin Kazań grający w rosyjskiej pierwszej lidze. W pierwszym sezonie wywalczył awans do ekstraklasy. W 2003 zajął 3. miejsce premiowane brązowym medalem. W latach 2004 i 2006 prowadził Rubin w Pucharze UEFA. W 2008 jego zespół wywalczył mistrzostwo Rosji. Rok później ekipa z Tatarstanu zdołała powtórzyć swój sukces.