W 1102 doszło do unii personalnej z Węgrami. Od XIV wieku i końca panowania Andegawenów na Węgrzech (1308–1395) nastąpił okres walk wewnętrznych. Po bitwie pod Mohaczem w 1526 Chorwacja dostała się pod panowanie Habsburgów. Część ziem znalazła się pod panowaniem Turków osmańskich, a stopniowy ich napór spowodował zajęcie praktycznie całego terytorium.
W XVIII wieku wpływy tureckie słabły, a w latach 1809–1813 Napoleon utworzył Prowincje Iliryjskie. W XIX wieku Chorwacja znalazła się w Cesarstwie Austriackim, a później w strefie wpływów Węgier (po 1867 w Krajach Korony Świętego Stefana, czyli węgierskiej części państwa). W części austriackiej pozostała Dalmacja, cieszyła się tam jednakże autonomią (własny sejm). Austriacy starali się wyzyskiwać konflikty węgiersko-chorwackie dla umocnienia dynastii habsburskiej (np. Chorwaci pomogli w stłumieniu powstania węgierskiego w 1848–1849).
W XIX wieku nasiliły się tendencje niepodległościowe. Po I wojnie światowej i rozpadzie Austro-Węgier w 1918 roku Chorwacja weszła w skład Królestwa SHS (Serbów, Chorwatów i Słoweńców), a w 1929 w skład Jugosławii.