Zespół klasztorny znajdował się niedaleko południowej linii miejskich umocnień – wału ziemnego z fosą i bastionami. W drugiej połowie XVII wieku stanowił jedną z obronnych forpoczt miasta. Podróżnicy przejeżdżający przez Mińsk podkreślali przepych i bogactwo dominikańskiego kościoła, a stolnik cara Piotra I P. Tołstoj, będąc w Mińsku w 1697 roku, zachwycał się organami w kościele św. Tomasza z Akwinu.
Zakończenie prac budowlanych przy klasztorze nastąpiło w 1703 roku. Sześć lat później zaczęto częściowa rekonstrukcję świątyni. Odrestaurowano fasadę. Pod koniec XVIII wieku miała miejsce ostatnia przebudowa kościoła, o czym świadczy odkryty przez Euzebiusza Łopacińskiego w latach trzydziestych XX wieku kontrakt, spisany w 1781 roku między przełożonym dominikanów mińskich, Benedyktem Rybczyńskim a mistrzem cechu murarzy, Andrzejem Makarewiczem. W wyniku przeprowadzonych wówczas prac kościół otrzymał nietypową „zespołową” kompozycję – powstały dwa plany-kulisy, rozciągnięte w przestrzeni.
29 lipca (11 sierpnia) 1798 roku nuncjusz apostolski, Wawrzyniec Litta, swoim dekretem In omnes agri Dominici partes wyznaczył klasztor dominikański na rezydencję biskupa nowo powstałej diecezji mińskiej.