Pierwsza lokomotywa wjechała do Watykanu w marcu 1932. Konwencja Kolejowa pomiędzy Włochami a Watykanem została ratyfikowana 12 września 1934. W październiku 1934 ministerstwo robót publicznych ukończyło linię i przekazało do użytku włoskiemu przewoźnikowi państwowemu – Ferrovie dello Stato. Zgodnie z Legge sulle fonti del diritto wydanym 7 czerwca 1929 infrastruktura kolejowa na terenie Watykanu traktowana jest tak, jakby znajdowała się na terytorium Włoch.
Pod koniec marca 1944, podczas bombardowania Rzymu, pracownicy Watykanu zatrzymali na stacji w Watykanie niemiecki pociąg z amunicjąChadwick, Owen. 1988. Britain and the Vatican During the Second World War. Cambridge University Press. s. 285. ..
Linia kolejowa
Linia kolejowa do Watykanu odchodzi od stacji Roma San Pietro i przecina Dolinę Gelsomino 143,12-metrowym murowanym wiaduktem mającym osiem 15,3-metrowych łuków, przecinających Viale Vaticano i Via Aurelia. Przed wjazdem do Watykanu i końcem linii na stacji Watykan biegnie ona do bramy, w której znajduje się dwoje 35,5-tonowych żelaznych wrót (łuk bramy ozdobiony jest herbem papieża Piusa XI). Brama ta jest częścią Murów Watykańskich.
Stacja kolejowa Watykan rozpoczyna się 20 metrów za bramą.