Zasada spójności oznacza, że Komisja i państwa członkowskie zapewniają spójność funduszy z działaniami, politykami i priorytetami Wspólnoty oraz zachowują komplementarność z innymi wspólnotowymi instrumentami finansowymi.
Zasada koordynacji oznacza, że Komisja i państwa członkowskie, zgodnie ze swoimi kompetencjami są zobowiązane do zapewnienia koordynacji pomocy z funduszy, EFRROW (Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich), EFRR oraz interwencji EBI i innych istniejących instrumentów finansowych.
Zasada zgodności zapewnia zgodność operacji realizowanych z funduszy z postanowieniami Traktatu i aktów przyjętych na jego podstawie.
Zasada partnerstwa utrzymana bez zmian w zakresie ścisłej współpracy pomiędzy Komisją a każdym państwem członkowskim. Określa bardziej precyzyjnie zarówno definicję, jak i listę podmiotów będących partnerami w procesie konsultacji. Zasada ta propaguje także partnerstwo publiczno-prywatne.