Od 1 stycznia 1981 był prezydentem Senegalu.
W 1983 zostały rozpisane wybory parlamentarne. Na skutek liberalizacji systemu wyborczego w wyborach brało udział 14 partii politycznych. Pomimo udziału opozycji, Diouf zdobył 83,5% głosów. W 1985 strony sporu próbowały zawrzeć koalicję. Rozmowy zostały przerwane ze względu na to, że koalicje były zakazane przez konstytucję. W tym samym roku Abdoulaye Wade, główny przeciwnik polityczny Dioufa, został tymczasowo aresztowany za nielegalne demonstracje. W lutym 1988 odbyły się kolejne wybory prezydenckie, w których urzędujący prezydent zdobył 72,3% głosów dzięki oszustwom wyborczym i wprowadzeniu stanu wyjątkowego po wyborach.
W 1986 Diouf wdrożył program walki z AIDS. Zachęcał organizacje społeczne, przywódców chrześcijańskich i muzułmańskich do starań na rzecz podniesienia świadomości na temat AIDS. Rezultatem akcji był spadek ilości osób zakażonych w Senegalu poniżej 2%.