W czasie organizacji Patriarchatu Kijowskiego Filaret posługiwał się hasłami ukraińskiego patriotyzmu czy wręcz nacjonalizmu. W swoim działaniu był popierany przez władze niepodległej Ukrainy. Przychylne mu opinie pojawiały się w mediach, zaś prezydium Rady Najwyższej Ukrainy ogłosiło postanowienia soboru w Charkowie za nieważne, po czym publicznie zadeklarowało poparcie dla Filareta. Zyskał on również poparcie organizacji skrajnie nacjonalistycznej UNA-UNSO, która ogłosiła go przywódcą religijnym wszystkich Ukraińców. Bojówki UNA-UNSO wielokrotnie atakowały cerkwie należące do Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Moskiewskiego, m.in. napadając 18 czerwca 1992 na ławrę Peczerską. Celem ataku było uniemożliwienie intronizacji metropolity Włodzimierza – następcy Filareta. Filaret (Denysenko) jest również oskarżany o przekazanie UNA-UNSO 12 mln karbowańców otrzymanych z budżetu państwa na remonty obiektów sakralnych.
Według źródeł rosyjskich metropolita Filaret miał być tajnym współpracownikiem KGB o pseudonimie „Antonow”, a także, już będąc poza Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, otwarcie łamać zasadę celibatu mnichów, prowadząc życie rodzinne z Eugenią Rodionową (zm. 1998).