W 1810 roku Józef Mikołaj Radziwiłł rozpoczął jego gruntowny remont po pożarze. Kościół został wtedy pokryty nowym dachem. Budynek ucierpiał podczas I wojny światowej oraz wojny polsko-bolszewickiej w 1920 roku, kiedy zniszczony został pociskiem artyleryjskim dzwon na wieży kościoła. Został on ponownie przelany w 1937 przez ludwisarnię Braci Felczyńskich w Kałuszu. W tym samym czasie parafianie dokupili 3 mniejsze dzwony.
Świątynia została zburzona przez artylerię Armii Czerwonej w 1944 roku podczas zdobywania miasta. W latach 50. XX wieku zabytek został z polecenia władz radzieckich wysadzony w powietrze. Do dziś zachował się niewielki fragment narożnika.
Architektura mały|Fara w 1932 roku Nie wiadomo dokładnie, czy pierwszy kościół w Klecku był murowany, czy drewniany. Murowana świątynia z XVI wieku zbudowana została w przejściowym, gotycko-renesansowym stylu. Jednak zarówno plan, jak i wygląd zewnętrzny kościoła świadczą o popularności w architekturze Wielkiego Księstwa Litewskiego nadal sztuki gotyckiej, pomimo upowszechnienia się już w Rzeczypospolitej architektury renesansowej.