Cecylii i Konstantyny, jednak malowania i złocenia są XIX-wieczne.

W absydzie znajduje się najcenniejsze i najstarsze dzieło w bazylice – mozaika przedstawiająca św. Agnieszkę oraz papieży św. Symmachusa i Honoriusza I. Powstała ona pomiędzy 625 a 638. Jest przykładem wpływów bizantyjskich.

W prawej nawie znajdują są kaplice: św. Augustyna, świętych Szczepana (Stefana) i Wawrzyńca oraz świętej Emerencjany. W środkowej kaplicy można podziwiać marmurowe rzeźby ze szkoły Andrea Bregno (XV w.) przedstawiające dwóch świętych Szczepana i Wawrzyńca, a także marmurową głowę Chrystusa, uważaną za XVII-wieczną kopię zaginionego dzieła Michała Anioła.

Kaplice lewej nawy: Bractwa Najświętszego Serca Pana Jezusa, Matki Bożej Pompejańskiej, i Pobożnego Związku Córek Maryi. W centralnej kaplicy można zobaczyć freski z XV wieku, a po bokach dwa freski Giuseppiego Chiari.

Pod bazyliką znajdują się katakumby ponownie odkryte przypadkowo w latach 1865–1866 i odkopywane od 1869.