Niektóre źródła (m.in. Jerzy Gołos w książce „Polskie organy i muzyka organowa”) podają informację, że w 1888 roku Franciszek Walczyński założył diecezjalną szkołę organistów w Tarnowie. Stanisław Garnczarski zwraca jednak uwagę, że jest to błędna informacja, ponieważ szkoła organistów powstała 1 września 1837, a w 1888 została jedynie wznowiona po kilkunastoletniej przerwie. Dokonało tego jednak „Towarzystwo ku wspieraniu muzyki kościelnej”, którego Franciszek Walczyński był członkiem, jednak nie można mu przypisać zasługi ponownego jej uruchomienia w 1888 roku. Z powodu braku środków materialnych szkoła została ponownie zamknięta, jednak uruchomiono ją w 1900 roku, a nowym dyrektorem został Franciszek Walczyński, który zastąpił na tym stanowisku swojego brata Stanisława Walczyńskiego.
Od 1915 roku aż do śmierci był prezesem Stowarzyszenia św. Filomeny i Domu dla Nieuleczalnie Chorych w Tarnowie.
W docenieniu za działalność kapłańską i muzyczną został szambelanem papieskim i prałatem domowym.
5 listopada 1896 roku został kanonikiem kapituły katedralnej w Tarnowie, w 1917 roku jej scholastykiem, a w 1922 roku dziekanem. Również 1922 roku został mianowany protonotariuszem apostolskim.