W związku z czym jej autorzy zaproponowali, aby w przypadku występowania w jeziorze łąk ramienicowych na znacznym obszarze, podnieść ocenę jeziora o jedną klasę i przeciwnie, gdy udział zbiorowisk zdominowanych przez niektóre gatunki typowe dla wód zeutrofizowanych (rogatek sztywny, rogatek krótkoszyjkowy, moczarka kanadyjska, rdestnica grzebieniasta, rdestnica szczeciolistna) przekracza ¾ pokrycia fitolitoralu, klasę obniżyć. Jeżeli natomiast całe jezioro (o wielkości powyżej 50 ha) jest pokryte szuwarem, wtedy stan ekologiczny jeziora powinien być, niezależnie od wartości ESMI, oceniony jako zły. Uwagi te zostały uwzględnione w postaci przypisów do wskaźnika w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 22 października 2014 r. w sprawie sposobu klasyfikacji stanu jednolitych części wód powierzchniowych.
Stosowanie wskaźnika Makrofitowy Indeks Stanu Ekologicznego jest jednym ze wskaźników stosowanych w klasyfikacji i monitoringu stanu jakości naturalnych zbiorników wodnych przyjętych przez polskie Ministerstwo Środowiska. W państwowym monitoringu środowiska stosuje się metodę z jego użyciem od roku 2007, a pilotażowo od 2002. Metoda ta została również uznana za obowiązującą dla Polski decyzją Komisji Europejskiej z dnia 20 września 2013 r.