Od 1951 działanie misji było poważnie utrudnione przez restrykcje ze strony władz. W latach 1951–1952 kolejno zabroniono wydawania pism prawosławnych oraz innych publikacji i ograniczono możliwości działania na terenie kraju przez osoby z obywatelstwem zagranicznym, w tym Rosjan. Mimo tego w 1952 biskup Szanghaju Szymon (Du) podjął, bez konsultacji z patriarchatem moskiewskim, działania na rzecz natychmiastowego powołania autonomicznego Kościoła Chińskiego. Jego plany pokrzyżowała jednak fala wyjazdów Rosjan, stanowiących istotną część prawosławnych wiernych w Chinach, z tego kraju. Latem 1954 według raportu tego samego biskupa w Szanghaju pozostało jedynie 200 Rosjan (danych o innych regionach brakowało), zaś jedynym źródłem utrzymania organizacji kościelnej było wsparcie materialne z Moskwy.