Do 1973 pracował w Heidelbergu i w Darmstadt w Instytucie Badań nad Ciężkimi Jonami. Następnie podjął pracę w browarze Bitburger w Bitburgu, należącym do rodziny jego żony. Po jakimś czasie został dyrektorem finansowym browaru.
Kolekcjonerstwo Tomasz Niewodniczański był jednym z najbardziej liczących się kolekcjonerów europejskich, zaś jego kolekcja kartograficzna uchodziła za najbardziej znaczącą prywatną kolekcję w Europie.
Pasja kolekcjonerska Tomasza Niewodniczańskiego zaczęła się w 1968 roku, kiedy jego żona kupiła mu w prezencie w warszawskim antykwariacie na Nowym Świecie widok Damaszku z publikacji Brauna i Hogenberga z 1576 roku. Kolekcjonerstwem zajmował się przez 40 lat. Zbierał głównie stare mapy, listy i inne rękopisy znanych pisarzy, książki z dedykacjami. Sama jego kolekcja kartograficzna dotycząca Polski liczyła około 2300 map i widoków polskich miast. Był między innymi w posiadaniu notesu z rękopisami 42 utworów Adama Mickiewicza, a także zbioru niepublikowanych wcześniej dzieł Juliana Tuwima, które udostępnił w celu wydania książki Julian Tuwim. Utwory nieznane.