W 1938 został wybrany na Katedrę Filozofii i Pedagogiki w Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie. Wygrał konkurs mając poważnych konkurentów w osobach Józefa Chałasińskiego i Bogdana Suchodolskiego. O sukcesie zadecydowała, wydana wówczas synteza: Kierunki i prądy pedagogiki współczesnej. Jako kierownik tej katedry pracował do 1939. Został także członkiem Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie. Po zamknięciu Uniwersytetu przez władze litewskie 15 grudnia 1939 kontynuował działalność dydaktyczno-naukową w konspiracji. Tej działalności nie zaniechał również w okresie okupacji sowieckiej (1940–1941) i niemieckiej (1941–1944). Lata wojny przeżył w Wilnie, gdzie prowadził kwerendy w bibliotekach i archiwach. Ponadto zaangażował się w tajne nauczanie na USB oraz w tajną działalność polityczną (Stronnictwo Ludowe).