Podczas okupacji hitlerowskiej gmina funkcjonowała w powiecie krakowskim w Generalnym Gubernatorstwie. 1 czerwca 1941 okupanci zwiększyli liczbę gromad gminy Zabierzów do 19 przez przyłączenie do niej: ze zniesionej gminy Bronowice Małe – gromad Modlnica, Modlniczka, Mydlniki, Rząska i Tomaszowice, z gminy Zielonki – gromady Giebułtów, z gminy Krzeszowice – gromad Brzezinka, Młynka, Niegoszowice, Nielepice, Radwanowice i Rudawa (przed wojną w powiecie chrzanowskim)Amtliches Gemeinde- und Dorfverzeichnis fuer das GG..
Po wojnie w woj. krakowskim w zmodyfikowanych w granicach: bez gromad z gminy Krzeszowice, które do niej powróciły w reaktywowanym powiecie chrzanowskim, lecz z gromadami ze zniesionej gminy Bronowice Małe i Giebułtowem z gminy ZielonkiInformator adresowy miast i gmin wiejskich Rzeczypospolitej Polskiej. Warszawa: Instytut Wydawniczy Kolumna, 1948.. Ponadto 1 lipca 1946 z części gromady Brzezie w gminie Zabierzów utworzono nową gromadę UjazdKrakowski Dziennik Wojewódzki. 1946, nr 13, poz. 59..