W samym Chełmie Polacy pozostawili dla zapewnienia swoich praw załogę wojskową.
Początki diecezji Kazimierz Wielki próbował na zajmowanych prawosławnych terenach zorganizować kościół katolicki. Planowano utworzenie metropolii halickiej z kilkoma sufraganiami. Jedna z nich miała mieć siedzibę w Chełmie. 20 maja 1358 lub 1359 franciszkanin Tomasz z Sienna otrzymał nominację papieską na biskupstwo chełmskie jako sufraganię metropolii gnieźnieńskiej (arcybiskupstwo w Haliczu jeszcze nie zostało zorganizowane). Opisane wyżej okoliczności nie pozwoliły erygować diecezji, a biskup chełmski pozostał w Krakowie i pracował jako biskup pomocniczy diecezji krakowskiej. Diecezję, jako sufraganię metropolii halickiej (od 1412/1414 lwowskiej), powstałej w 1366, erygował dopiero w 1375 papież Grzegorz XI bullą z lutego. W 1377 Ludwik Węgierski usunął Jerzego Narymuntowicza i powstały warunki do faktycznej organizacji diecezji. W 1377 król węgierski Ludwik, wraz ze swoim namiestnikiem na Rusi Władysławem Opolczykiem, uzyskał u papieża Grzegorza XI zgodę na utworzenie metropolii halickiej z sufraganami: w Przemyślu, Włodzimierzu i Chełmie. Bulla nominacyjna została wydana 13 lutego 1377. Nie postępowała ta nominacja jednak szybko. Dopiero w 1388 biskupem został mianowany franciszkanin Stefan ze Lwowa.