Historia Archiwum papieskie – Scrinium Sanctum, zostało powołane przez papieża Juliusza I w IV wieku. Do XI wieku dokumenty były pisane na papirusie, stąd wiele z nich nie zachowało się do naszych czasów (papirus szybko ulega zniszczeniu). Archiwa były dosyć często przewożone w różne miejsca: do Lyonu i Viterbo przez Innocentego IV, do Anagnii przez Bonifacego VIII, czy do Perugii przez Benedykta XI. Zbiory zostały podzielone na dwie części, z czego jedna znalazła się w Carpentras, a druga w Asyżu, włączając je później do archiwum powstałego w Awinionie. Były one później sprowadzane do Rzymu (część za pontyfikatu Marcina V, inne dokumenty przeniósł Pius V w 1566 a resztę Pius VI w 1783).

Sykstus IV oddzielił zbiory biblioteczne od archiwalnych, tworząc w ten sposób Bibliotekę Watykańską oraz Biblioteca secreta;