Następnie założył własną pracownie naukową, w której prowadził badania nad szkodnikami rolniczymi i przemysłowymi.
Po powrocie do Paryża podjął dalsze studia na Sorbonie. Wkrótce po przyjęciu do Instytutu Pasteura (1893) otrzymał stanowisko kierownika działu mikrobiologii. Zajmował się tam głównie biologicznymi metodami zwalczania szkodników w leśnictwie i rolnictwie.
Zdobył uznanie w swojej dziedzinie, co pozwoliło mu na osiągnięcie tytułu eksperta od zwalczania szkodników. W 1899 został wezwany do Afryki Południowej dla zwalczenia pomoru bydła. Z Transwalu przywiózł pokaźny zbiór wyrobów plemion Bantu, głównie Zulusów. Kilkadziesiąt zgromadzonych wówczas przedmiotów wykonanych przez tubylców (naszyjniki, ozdoby, amulety, tarcze, włócznie, maczugi) przekazał krakowskiej Akademii Umiejętności. Podróżował także do Rosji (szkodniki buraków cukrowych) i Portugalii (szkodniki dębu korkowego). Podczas pobytu w Australii (1906-1907) zorganizował na wyspie Broughton stację doświadczalną, prowadzącą badania nad bakteriologicznymi możliwościami zwalczania plagi dzikich królików).