Wraz z przybyciem Hiszpanów wywiązały się tutaj zacięte walki pomiędzy tubylcami a konkwistadorami. Hiszpanie dopiero po 6 latach prób (1522–1528) zdołali założyć pierwsze stałe osiedle w tym rejonie, była to osada Villa Real (obecne San Cristóbal de las Casas). Po podboju Chiapas stanowiło administracyjnie część Gwatemali. W XVII stuleciu mimo zadomowienia się tutaj Europejczyków ciągle wybuchały starcia z Indianami, którzy nigdy nie chcieli się pogodzić z obcą dominacją. W 1712 r. wybuchło krwawe powstanie przeciwko niewolnictwu i innym formom wykorzystywania miejscowej ludności.
Kiedy Meksyk walczył o niepodległość, region Chiapas był silnie powiązany z Gwatemalą i nie od razu poparł jego żądania suwerenności. Dopiero w 1824 r. w wyniku plebiscytu mieszkańcy opowiedzieli się za wejściem regionu w unię z Meksykiem. Pomimo protestów Gwatemali Chiapas zostało całkowicie włączone do Meksyku w 1841 r.
W XIX w. istniały tu liczne napięcia społeczne pomiędzy lokalnymi posiadaczami ziemskimi a indiańskim chłopstwem. Rewolucja meksykańska z 1910 r. nie wywarła wielkiego wpływu na stan. Chłopi pomimo żądań rozparcelowania wielkich majątków nie przyłączyli się do walki.