Jesienią 1942 rozpoczęto w obozie serię drastycznych doświadczeń na żywych więźniach, głównie próbek szczepionek i reakcji na rozmaite gazy żrące (iperyt i fosgen). Umieralność wśród ofiar tych doświadczeń była bardzo wysoka, śmierć następowała po wielu dniach męczarni. Z innej grupy ofiar na polecenie Augusta Hirta zgromadzono kolekcję szkieletów uśmiercając specjalnie wyselekcjonowanych w tym celu 86 Żydów (29 kobiet i 57 mężczyzn więźniów Auschwitz-Birkenau). Na tym właśnie pseudonaukowym tle uruchomiono w 1943 roku niewielką komorę gazową, w której obserwowano reakcję ofiar na różne gazy oraz uśmiercano osoby (głównie Żydów) przeznaczone do zasilenia wspomnianej kolekcji szkieletów dla Reichsuniversität Straßburg. Komora była użyta kilkakrotnie – jedynie w celu doświadczalnym. Po wojnie szkielety zostały własnością Uniwersytetu w Strasburgu.
W drugiej połowie 1943 roku, wobec wyzwań wojennych stojących przed III Rzeszą zaprzestano wydobywać granit i rozpoczęto konstrukcję fabryki silników samolotowych Junkers. Począwszy od 1944 roku rozpoczęto drążenie skał w celu umieszczenia strategicznej produkcji pod ziemią.