90% powierzchni stanowią: Sumatra, Kalimantan (indonezyjska część Borneo), Celebes, Jawa i zachodnia część Nowej Gwinei.
Linia brzegowa wysp jest bardzo urozmaicona, pomiędzy wyspami utworzył się skomplikowany system mórz i zatok. Owe wody noszą nazwę Indonezyjskiego Morza Śródziemnego, które jest umownie zaliczane do Oceanu Spokojnego. Wielkie Wyspy Sundajskie od zachodu i południa oblewają wody Oceanu Indyjskiego, a od północy Morze Andamańskie i Morze Południowochińskie. Sumatrę od Półwyspu Malajskiego oddziela cieśnina Malakka, a od Jawy – Cieśnina Sundajska. Indonezyjska część Borneo jest od wschodu oblewana przez wody Morza Celebes. Od wyspy Celebes, Borneo oddziela Cieśnina Makasarska. Pomiędzy Borneo a Jawą znajduje się Morze Jawajskie. thumb|300px|Najwyższy szczyt Indonezji Puncak Jaya. Zachodnie wybrzeże Sumatry i południowe Jawy jest wysokie i wyrównane. Wybrzeże wschodnie Sumatry, północne Jawy, oraz południowe Borneo jest niskie i bardziej urozmaicone. Wzdłuż południowo-zachodnich brzegów Sumatry rozciąga się archipelag Mentawai, a przy jej wschodnim wybrzeżu położone są wyspy Archipelagu Riau, Bangka i Belitung. Na północny wschód do Jawy przylega wyspa Madura, którą od Jawy oddzielają cieśniny Surabaja i Madura.