Wojna nauki z religią – pojęcie (kategoria metaforyczna) historiozoficzne obecne od drugiej połowy XIX w. w amerykańskiej i brytyjskiej pozytywistycznej i naturalistycznej historiografii nauki opisująca relacje między nauką a religią zachodzące w różnych sytuacjach historycznych.
Na zakorzenienie się tego pojęcia w świadomości społecznej duży wpływ miała twórczość pozytywistycznego historyka nauki Johna Williama Drapera (1811-1882) – wybitnego chemika i biologa, a także autora trzech bestsellerów historycznych: History of The American Civil War, History of The Intellectual Development Of Europe i History of the Conflict Between Religion and Science. Dwa ostatnie tytuły poświęcone są właśnie „konfliktowi”, jaki miałby towarzyszyć współistnieniu religii i naukiWiktor Werner, John William Draper i Andrew Dickson White wobec wojny nauki z religią. Rola metafory historiograficznej. Kwartalnik Historii Nauki i Techniki R. 49:2004 nr 1s. 7-27.