"Royal Katherine" wziął następnie udział w wojnie przeciwko Francji, gdzie nastąpiło odwrócenie sojuszy i Anglicy walczyli u boku Holendrów z Francuzami. W 1690 roku miała miejsce zwycięska dla Francuzów bitwa pod Beachy Head, w której, pod dowództwem kapitana Matthew Aylmera, brał udział "Royal Katherine". W tym samym roku kapitan Aylmer na "Royal Katherine" był dowódcą floty wysłanej w celu eskorty konwoju płynącego ze Smyrny. W dwa lata później w decydującej bitwie morskiej pod La Houge połączone siły anglo-holenderskie pod dowództwem admirała Edwarda Russela pokonały Francuzów. "Royal Katherine" wchodził wówczas w skład eskadry "czerwonej", będącej centrum sojuszniczej floty.
W lutym 1699 roku "Royal Katherine" został skierowany do Portsmouth, gdzie pod kierunkiem szkutnika Thomasa Podda, został przebudowany według projektu Eliasa Waffe, na całkowicie nowy okręt liniowy II rangi. Powtórne wodowanie miało miejsce 23 lutego 1703 roku.