Oskarżenie i proces W związku ze swoimi czynami Kovačević został oskarżony o łamiące konwencje genewskie z 12 sierpnia 1949 roku zbrodnie przeciwko ludzkości: ludobójstwo i współudział w ludobójstwie, morderstwa, prześladowanie, tortury, tortury ze szczególnym okrucieństwem, umyślne powodowanie wielkiego cierpienia, deportacje, niszczenie miejscowości i przywłaszczanie majątku. Wykazano, że miał świadomość opisanych wydarzeń i nie podjął żadnych kroków, żeby im zapobiec. W trakcie niszczycielskiej działalności sztabu kryzysowego obrócono w ruinę wiele boszniackich i chorwackich miejscowości, a w miastach Prijedor i Kozarac zburzono wszystkie meczety.
Akt oskarżenia wobec Kovačevicia sformułowano 13 marca 1997. 10 lipca tego samego roku został ujęty w szpitalu w Prijedorze przez żołnierzy brytyjskich działających w ramach sił SFOR i przekazany do dyspozycji Międzynarodowego Trybunału Karnego dla byłej Jugosławii w Hadze. Tego samego dnia w Prijedorze w trakcie analogicznej próby zatrzymania zginął oskarżany o zbrodnie wojenne Simo Drljača.