Jako prodziekan ww. wydziału, doprowadził do wydzielenia od 1952 roku Wydziału Budownictwa Wodnego – którego został dziekanem. Jednocześnie zajmował się doradztwem oraz pracami zleconymi przez Ministerstwo Komunikacji, Państwową Komisję Planowania Gospodarczego, Centralny Zarząd Energetyki oraz Ministerstwo Oświaty. W latach 1952–1958 był sekretarzem Komitetu Gospodarki Wodnej PAN. W latach 1956–1960 pełnił funkcję rektora Politechniki Gdańskiej, w 1964 mianowany na profesora zwyczajnego.

W latach 1957–1961 poseł na Sejm PRL, członek sejmowych komisji Gospodarki Morskiej i Żeglugi oraz Planu Gospodarczego, Budżetu i Finansów.

Był zaangażowany w różne etapy powstawania prawie wszystkich obiektów polskiego budownictwa wodnego: Porąbka, Goczałkowice, Przewóz, Brzeg Dolny, Czorsztyn, Dębe, Koronowo, Włocławek, Solina, Żydowo, Porąbka-Żar, Żarnowiec, Młoty, wcześniej także Rożnów i Czchów.

Sporządzony przez niego w 1949 roku „Perspektywiczny plan gospodarki wodnej”, rozszerzony na podstawie jego badań w Komitecie Gospodarki Wodnej Prezydium PAN, jest aktualny do dziś.mały|Grób prof. Wacława BalcerskiegoWspółautor i redaktor nagrodzonego przez Ministerstwo Oświaty i Szkolnictwa Wyższego podręcznika Budowle wodne śródlądowe. (1969).