Getto zostało zlikwidowane w lecie 1942 roku. 21 sierpnia tego roku większość mieszkańców została wywieziona do obozu zagłady w Treblince), a wielu niedołężnych zostało zamordowanych na miejscu w Mińsku. Ok. 600 młodych i zdrowych mężczyzn zostało w Mińsku jako siła robocza przez kilka następnych miesięcy. 24 grudnia tego roku ponad 200 z pozostałych Żydów została rozstrzelana na terenie istniejącego do dziś cmentarza żydowskiego; 5 stycznia 1943 r. podzieliła ich los grupa 104 żydowskich pracowników z fabryki Kruppa; kilka dni później (10 stycznia) pozostałych ok. 250 zostało zgromadzonych w dawnej szkole, budynek której następnie spalono.
W trakcie istnienia getta mińskiego, działacze polskiego ruchu oporu (głównie AK) brali udział w ratowaniu żydowskich dzieci, które były po kryjomu przesiedlane z getta i ukrywane przez polskie rodzinyNoiński Emil, Likwidacja getta żydowskiego w Mińsku Mazowieckim w świetle relacji i wspomnień naocznych świadków, „Rocznik Mińskomazowiecki” 2006, z. 14..
Upamiętnienie Kaźń Żydów w szkole przy ul.