Dunkel i współpracownicy (2012) sugerują, że nazwa mogła też pochodzić od malgaskiej nazwy „warck” dla wari lub podobnej wielkości lemurów. Kolejny gatunek zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisał pod nazwą Lemur ruber Étienne Geoffroy Saint-Hilaire w 1812 roku, w dalszym ciągu używając rodzaju Lemur. Późniejsi autorzy uznawali go często za podgatunek w obrębie wari czarno-białego.
Wari zalicza się obok czterech innych współczesnych rodzajów do rodziny lemurowatych. Pozostałe to prolemur, maki, lemur i lemuria. Rodzaj lemur w przeszłości obejmował również dzisiejsze wari, aczkolwiek w 1978 roku von Hagen przeniósł je do w ogóle innej rodziny indrisowatych, obejmującej sifaki, indrisy i awahi. Rzeczona propozycja nie spotkała się z dużym uznaniem. W 1994 roku Macedonia i Stanger uznali wari za klad siostrzany kladu obejmującego lemurowate (w dzisiejszym rozumieniu pozostałe lemurowate) i indrisowate, opierając się na badaniach komunikacji. Stanger-Hall w 1997 roku w ogóle wyłączyła wari z Lemuroidea. Późniejsi autorzy nie wsparli i tego pomysłu, wracając do klasyfikacji wari w rodzinie lemurowatych, w odrębnym rodzaju. Przez dłuższy czas był doń zaliczany pojedynczy gatunek, dzielony na dwa podgatunki.