Zajęcia szkolne odbywały się od poniedziałku do soboty, w godz. od 6 do 15, w systemie letnim i zimowym. W środy naukę rozpoczynano mszą świętą. Zajęcia w tym dniu były skrócone do godz. 10. Egzaminy odbywały się w niedziele. Prócz łaciny nauczano również greki. Do nauczania wykorzystywano powszechnie obowiązujące podręczniki na Pomorzu. Należały do nich m.in. Religion die Catechesis D. Chytraeusa, Dialogi sacri Castelliego, Katechizm M. Lutra, Lateinische Grammatik F. Melanchtona, także lektury utworów Cycerona, Terencjusza i Owidiusza.
W czasie wojny trzydziestoletniej nauczanie w szkole trzebiatowskiej było utrudnione. Problemy finansowe, wynikające z nakładania miastu przez wojska cesarskie (1630, 1636 i 1648) kontrybucje, powodowały liczne zawieszanie działalności placówki. Włączenie Trzebiatowa do Brandenburgii-Prus w następstwie pokoju westfalskiego, podpisanego w 1648 w Osnabrück, nie powodowało większych zmian programowych w nauczaniu. Nadal obowiązywał tzw. łaciński model wychowania na kanwie wychowania religijnego, który utrzymał się do końca XVIII w.Niemiecka historiografia do poł. XVII w. wymienia kolejno 26 zatrudnionych rektorów.