Jesienią 1918 r., po rewolucji październikowej, po której nastąpiły represje przeciwko Cerkwi, a także wobec utraty państwowego finansowania szkół duchownych Smaragd (Łatyszenko) razem z całym personelem seminarium chełmskiego udał się do Kijowa, na terytorium Ukraińskiej Republiki Ludowej. Powrót do Chełma, gdzie władze niepodległej Polski nie godziły się na ponowne otwarcie prawosławnego seminarium duchownego, był niemożliwy. Szkoła wznowiła działalność w Krzemieńcu, a biskup wołyński Dionizy był skłonny powierzyć archimandrycie Smaragdowi obowiązki rektora. Ten jednak w 1920 r. porzucił szkołę i udał się w kierunku Charkowa, mając nadzieję na zdobycie urzędu biskupiego w Rosyjskim Kościele Prawosławnym. Po drodze, na kontrolowanym przez URL Podolu, został aresztowany za agitację antyukraińską. Odzyskał wolność dzięki pomocy ministra wyznań religijnych URL Iwana Ohijenki. Po powrocie do Krzemieńca Smaragd próbował stanąć na czele seminarium, jednak władze polskie, wiedząc o jego wcześniejszej rusyfikatorskiej działalności na Chełmszczyźnie, zablokowały jego kandydaturę. Nie bronił go także biskup Dionizy.