Mimo obrony przez czterech adwokatów, w tym znanego mecenasa Tadeusza Wróblewskiego, domagającego się uznania zbrodni za popełnioną w afekcie, Łatyszenko został 27 września 1924 r. uznany za winnego zabójstwa „osoby urzędowej” i skazany na 12 lat więzienia, przy czym na mocy amnestii wyrok został zmniejszony do 8 lat.
Łatyszenko nakazał swoim obrońcom by nie wnosili apelacji. Jednak w 1925 roku samodzielnie próbował zaskarżyć wyrok w Sądzie Apelacyjnym. W grudniu 1924 r. władze radzieckie zaproponowały wymianę Łatyszenki na aresztowanego miesiąc wcześniej w Leningradzie polskiego księdza Bronisława Ussasa, jednak władze polskie odmówiły.
Karę Łatyszenko odbywał w więzieniu mokotowskim, dzieląc celę m.in. z Bogdanem Ronikierem. Wyszedł z więzienia 27 września 1932. Z Warszawy miał się udać do Wilna, skąd miał rzekomo zamiar wyjechać na stałe do klasztoru na Wołyniu (tak oświadczył służbie więziennej). Jego dalsze losy są nieznane. Niektóre źródła podają, że wyjechał do Czechosłowacji.