Ostatnie dni wojny W lutym 1864 Bragg został wysłany do Richmond – jego oficjalnym rozkazem była „kontrola nad operacjami militarnymi Stanów Skonfederowanych”, jednakże w praktyce był doradcą wojskowym Davisa, bez konkretnego przydziału. Bragg używał swych zdolności organizacyjnych, walcząc z korupcją i usprawniając system zaopatrzenia. Zmienił system poboru poprzez usprawnienie łańcucha dowodzenia i zmniejszenie ilości dróg jakimi rekruci mogli się odwoływać. Później zawiadywał obroną Wilmingtonu, Augusty, Savannah oraz Charlestonu. Jego postawa pod Fort Fisher kosztowała konfederatów przegraną. Braggowi udało się uciec z siłami garnizonu i odnieść drobne zwycięstwo pod Kinston. Pod koniec wojny służył jako dowódca korpusu w Armii Tennessee Johnstona, toczącego boje z gen. Shermanem w obu Karolinach.
Po wojnie Po wojnie Bragg został nadzorcą nowoorleańskiego systemu wodnego, a następnie głównym inżynierem w Alabamie, dozorując prace przy ulepszaniu nabrzeża w Mobile. Później przeniósł się do Teksasu i został inspektorem kolejowym. Zmarł tamże. Według zeznań przyjaciela, spacerowali wzdłuż ulicy w Galveston, kiedy Bragg przewrócił się i zmarł. Lokalna legenda mówi, iż w pobliżu miejsca jego śmierci znajduje się dziwne światło, zwane „światełkiem Bragga”.
Został pochowany na Magnolia Cemetery.
Kontrowersyjna spuścizna