Oskarżony przez bolszewików o udział w spisku antypaństwowym i ukrywanie broni na terenie klasztoru, został uwięziony w Kałudze i skazany na rozstrzelanie. Wykonanie wyroku zostało jednak odroczone, a następnie zamienione na 5 lat pozbawienia wolności. Do 1921 przebywał w więzieniu tagańskim w Moskwie w izolatce. Znacznie podupadł na zdrowiu i musiał przejść operację, po której więzienny doktor przysposobił go do wykonywania obowiązków sanitariusza. W więzieniu odwiedził go również metropolita Cyryl (Smirnow), który pobłogosławił go dla sekretnego wykonywania zadań mnicha-starca.
Po odbyciu wyroku mnich Jerzy spotkał się z biskupem Teodorem (Pozdiejewskim), który umożliwił mu zamieszkanie w Monasterze Daniłowskim w Moskwie i prowadzenie tam działalności starca. Mnich Jerzy zyskał znaczną popularność wśród wiernych;